IB Genetics OÜ | Mäealuse 4, 12618, Tallinn | tel. +372 600 0199 | info@igen.ee
Eesti keeles In English по-русски

Teadus- ja arendusprojektidest lähemalt

Molekulaardiagnostilised analüüsid personaalses vähiravis

Projekti eesmärk: prognostiliste ja prediktiivsete analüüside valideerimine ja juurutamine kliinilises praktikas.

Projekti partnerid: Põhja-Eesti Regionaalhaigla, Tartu Ülikooli Kliinik,  Tallinna Tehnikaülikool

Projekti raames töötatakse välja molekulaardiagnostilised paneelid järgmistele kasvajatele:

  • Kolorektaalvähk – ONCOforce CRC
    Paneel sisaldab järgmisi analüüse: BRAF, KRAS, MSI, ERCC1, PIK3CA, UGT1A1
  • Mitte-väikserakuline kopsuvähk – ONCOforce NSCLC
    EGFR, ERCC1, RRM1, UGT1A1
  • Gastrointestinaalne stromaaltuumor – ONCOforce GIST
    Paneel sisaldab analüüse c-KIT ja PDGFR-A.

Analüüside optimeerimiseks ja valideerimiseks kaasatakse 150 vähipatsiendi koeproovid. Kasvajakoe molekulaardiagnostilised analüüsid valideeritakse nii värskel/külmutatud koematerjalil kui ka formaliinis fikseeritud parafiini sisestatud koel (FFPE). Heterogeense kasvajamaterjali analüüsimiseks juurutatakse kõrge tundlikkusega HRM meetod (High Resolution Melting Curve).

Projekti tulemusena pakume Eesti kliinikutele uusi molekulaardiagnostilisi paneele, mis aitavad hinnata haiguse prognoosi ja ravivastust.

Molekulaardiagnostiliste analüüside arendamine kolorektaalvähi varajaseks avastamiseks

Projekti eesmärk: tuvastada biomarkersüsteeme, mis võimaldavad mitte-invasiivselt diagnoosida varajases staadiumis kolorektaalvähki.

Projekti partnerid: Põhja-Eesti Regionaalhaigla, Protobios OÜ,  Tallinna Tehnikaülikool

Uuringus identifitseeritakse valgulisi markereid, mis aitaksid diagnoosida vähki varajases staadiumis. Selliste markerite tuvastamiseks kirjeldatakse kolorektaalvähi erinevate staadiumite tuumorid molekulaarselt ja korreleeritakse vereseerumist leitud markeritega.

Tuumorite molekulaarse profiili määramiseks analüüsitakse koeproovidel järgmisi kartsinogeneesiga seotuid geneetilisi ja epigeneetilisi muutusi: APC, PTEN, MSI, KRAS, BRAF, CIMP, PIK3CA.

Teadusprojekti läbiviimiseks kogutakse 200 kolorektaalvähi patsiendi koe- ja vereproovid. Kontrollgrupi jaoks kogutakse 50 terve inimese vereproovid.

Projekti tulemusena töötatakse välja biomarkerite testsüsteem kolorektaalvähi varajaseks avastamiseks. Järgnevates kliinilistes uuringutes testsüsteem valideeritakse ja hinnatakse selle sobivust kliinilises praktikas kasutamiseks.

Molekulaardiagnostiline skeem päriliku soolevähi diagnoosimiseks

Projekti eesmärk: välja töötada molekulaardiagnostiline skeem päriliku mitte-polüpoosse kolorektaalvähi (HNPCC – Hereditary Non-Polyposis Colorectal Cancer) diagnoosimiseks kliinilises praktikas.

Projekti partnerid: Põhja-Eesti Regionaalhaigla, Ida-Tallinn Keskhaigla.

Igal aastal diagnoositakse Eestis umbes 700 soolevähi juhtu, neist ligikaudu 3-5% moodustab HNPCC, mida teatakse ka kui Lynchi sündroom. HNPCC on seotud pärilike mutatsioonidega DNA valepaardumise parandamise eest vastutavates geenides (MMR geenid: MLH1, MSH2, MSH6 ja PMS2).

Projekti eesmärgiks on välja töötada molekulaardiagnostiline skeem, mis võimaldab tuvastada patsiente, kellel on vaja läbi viia MMR geeni sekveneerimist. Mutatsiooni detekteerimine MMR geenis võimaldab diagnoosida Lynchi sündroomi patsiendil ja tema pereliikmetel.

Teadusprojekti raames rakendatakse molekulaardiagnostilist skeemi sajal HNPCC kahtlusega patsiendil.

BRCA1 geeniuuring päriliku rinna- ja munasarjavähi kahtlusega patsientidel

Projekti eesmärk: kirjeldada BRCA1 mutatsioonispektrit Eesti populatsioonis ja juurutada molekulaardiagnostiline analüüs päriliku rinna- ja munasarjavähi kahtlusega patsientide skriinimiseks.

Projekti partnerid: Põhja-Eesti Regionaalhaigla.

Igal aastal diagnoositakse Eestis ligikaudu 600 rinnavähi ja 150 munasarjavähi juhtu. Uuringud näitavad, et ligikaudu 5-10% kõigist vähijuhtudest on seotud päriliku eelsoodumusega. Päriliku rinna- ja munasarjavähiga on seotud pärilikud mutatsioonid geenides BRCA1 ja BRCA2 ( BReast CAncer 1 ja 2). Uuringud näitavad, et BRCA1 ja BRCA2 mutatsioonispekter erineb populatsiooniti.

Projekti eesmärgiks oli alustada Eesti populatsioonispetsiifilist BRCA1 mutatsioonide kaardistamist. BRCA1 sekveneerimine viidi läbi 50-l patsiendil, kes vastasid uuringukriteeriumitele. Valimi analüüs näitas, et BRCA1 geeni mutatsioonispekter oli sarnane Ida-ja Kesk-Euroopas leitud variatsioonidega, mis oli eeldatud tulemus. Leitud BRCA1 mutatsioonid on toodud tabelis 1.

No Kliiniliselt olulised mutatsioonid Arv uuringus
1 185delAG 1
2 4154delA 1
3 4377C>T 1
4 5154delC 1
5 5382insC 4
6 5653delACCATGins20 1

Tabel 1: Mutatsioonide detekteerimine (50 patsienti)

Võttes arvesse uuringu tulemusi ja Kesk- ja Ida-Euroopa andmeid koostati sagedamini esinevaid BRCA1 ja BRCA2 mutatsioone tuvastav paneel – ONCOforce BRCA, mis võimaldab kuluefektiivselt skriinida päriliku rinna-ja munasarjavähi kahtlusega patsiente.